El Instituto de Historia tiene su origen como parte de la Escuela de Educación, abriendo sus puertas en 1943 y contando con la destacada participación de Jaime Eyzaguirre en la cátedra de Historia de Chile, Carlos Grez en Historia de América, Ricardo Krebs en Historia Universal y Mario Góngora como ayudante y orientador en investigación. Por entonces las cátedras eran ocupadas por muy pocos profesores lo que explica que Ricardo Krebs enseñara desde Grecia y Roma hasta los últimos acontecimientos mundiales, algo completamente impensado para los estándares de hoy.
Con la incorporación de profesores de jornada completa a contar de 1964 se inició una nueva etapa. Se fueron incorporando destacados profesionales como Armando de Ramón, Julio Retamal y Sergio Villalobos. Ese mismo año fundó el Centro de Investigaciones Históricas, lo que a su vez permitió la creación de la primera biblioteca especializada. En 1970 se consolidó el proyecto educativo con la Licenciatura en Historia y la creación formal del Instituto de Historia, que se separó del Departamento de Historia y Geografía, lo que permitió una mayor especialización de los egresados y profesores, plataforma que sirvió de base para la creación del Doctorado en Historia en 1983, el primero del país en la disciplina.
El proyecto de docencia y formación en investigación se vio complementado de manera exitosa con la publicación de la Revista Historia, fundada tempranamente en 1961 y dirigida inicialmente por el destacado historiador Jaime Eyzaguirre. La revista ha contribuido al desarrollo de la labor historiográfica chilena y extranjera, transformándose en un referente a nivel internacional, lo que fue ratificado en el año 2007 con su indexación ISI, siendo la primera revista chilena en alcanzar dicho estándar de calidad en la disciplina.
A lo largo de su existencia siete profesores del Instituto han sido galardonados con el Premio Nacional de Historia: Mario Góngora (1976), Ricardo Krebs (1982), Gabriel Guarda (1984), Sergio Villalobos (1992), Walter Hanisch (1996), Armando de Ramón (1998), Sol Serrano (2018) y Rafael Sagredo (2022). Dichos logros son el fiel reflejo de la calidad de la docencia e investigación desarrollados en un Instituto de Historia que ha mantenido el liderazgo en investigación en el país gracias a los proyectos Fondecyt, la consolidación de prestigiosos programas de postgrado y la conformación de sólidas redes internacionales.